1941年初，二战的战火燃遍欧洲，时任美国总统罗斯福宣布全美进入紧急状态，美军人数开始大幅扩充。管理美军战争部的主要办公地点设在军需大厦，随着人数的增加，军需大厦的拥挤程度已经无法满足工作需要。
1941年5月，美国战争部代表向国会递交了一份关于兴建新的战争部办公建筑的“整体解决方案”，该议案在五天之内便得到了国会的同意。出于战略上的考虑，战争部认为新大楼适宜建设在跨过波托马克河的阿灵顿县境内。大楼最初由于征地地块的形状而不得不因地制宜地设计成五角形，但是这种独特造型在战争中容易成为轰炸目标。于是战争部又另寻了一块地，但罗斯福总统却对这个前卫造型情有独钟，在总统的坚持下，大楼的五角形状就此确定。
五角大楼建设时正值二战期间，钢铁优先供应武器制造厂，新大楼能拿到的钢材数量极为有限，缺乏钢筋就意味着大楼只能在不超过五层的高度下向四周铺开。
1941年12月7日，日本偷袭珍珠港，来自各方面的压力迫使大楼的设计和建设工作必须提速。数以万计的建筑工人加班加点，只用了16个月就完成了本应是四年完成的工程量。
从空中看，五角大楼是由五个五边形楼构成，环绕着一个占地约30英亩的中央庭院，每个五边形楼都分地上五层，地下二层。一个五边形楼套在另一个五边形楼之内，一层套一层，一层比一层小。楼与楼之间由10条轮辐状回廊连接起来，组成一个整体。大楼内的走廊有28公里长，但是，每两间办公室之间步行时间却不超过七分钟。（据《文摘报》）
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