1926年，加入共青团。1929年因何立人调省后，由他接替其县党部执行委员职务。
1927年春，他协助何立人等在县城召开“竹溪县农民协会”成立大会。1927年秋组建了竹溪县农民武装。1928年夏，竹溪劣绅与陕西“神团”相互勾结，妄图消灭农民军。何馥荪协助特支将农民军从龙坝调回县城，在城西长旺一举将“神团”打垮。后农民军在城东守金店战斗中受挫，何馥荪等一批革命志士先后被捕。1929年2月，其父买通看守，将其悄悄释放，后转入竹溪地下工作。
1929年春，何馥荪等同县长郝辑策划攻打房县、竹山杜子翼反动武装不幸被捕。7月23日，国名党反动当局将其杀害于县城，时年27岁。
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